A GENAGRID Konzorcium és az Intel bemutatta Magyarország legerősebb tudományos szuperszámítógépes rendszerét, amelyet az MTA KFKI Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet üzemeltet. Az SGI által szállított ALTIX ICE fürt összesen 512 nagyteljesítményű processzormaggal, 6,5 teraflopos csúcsteljesítményt képes leadni, amit genetikai és rendszerbiológiai kutatásokra fordítanak hazai kutatócsoportok.

Szuperszekrény | Az SGI ALTIX ICE a blade kivitelnek köszönhetően rendkívül magas teljesítménysűrűséget képes elérni. A fürtben összesen 512 processzormag és 1 terabájt memória található, összesen 6,5 teraflops, azaz másodpercenként 6,5 ezer milliárd 64 bites pontosságú műveletvégzési sebességgel. A klaszter Red Hat Enterprise Linuxot futtat, és a kódokat az Intel fordítóival és teljesítményhangoló eszközeivel optimalizálták.

Az olyan molekuláris biológiai kutatások, mint amilyen a genetikai, genomikai és fehérjekémiai (proteomikai) vizsgálatok hatalmas adattömegeken végeznek elemzéseket, így a nagy memóriakapacitás és műveleti párhuzamosság egyaránt fontos volt. Az ALTIX ICE rendszer kapacitását elsősorban az asztma, allergia és leukémiai genomikai kutatására fordítják, de más magyarországi kutatási projektek adatelemzését segíti. A genetikai vizsgálatok elvégzéséhez az akadémiai és ipari partnerek genetikai laborjai együttesen egy régióbeli viszonylatban egyedülálló spektrumot biztosítanak.

"Az SGI Altix ICE szuperszámítógéppel a hazai orvos-biológiai kutatás itthon eddig elérhetetlennek látszó számítási teljesítményhez jutott, egyetlen kutatási cél elérése érdekében" – nyilatkozta Dr. Temesi Tibor a Silicon Graphics hazai kereskedelmi igazgatója.

Gének nyomában | Az orvosbiológiai méréstechnológia fejlődése az utóbbi két évtizedben lehetővé tette számos faj genetikai állományának (genomjának) megismerését, sőt a mérések költségének csökkenésével belátható közelségbe került egyedi emberi genomok nukleotid-sorrendjének rutinszerű vizsgálata is. Mára az egyik legjelentősebb orvosbiológiai kihívássá vált a genetikai különbségek hatásának felderítése, in silico (azaz számítógépes) jóslása, modellezése, a hatások gyógyszerészeti, orvosi, klinikai „lefordítása”, felhasználása.

Paradox módon az adatgazdagságot elhozó nagy áteresztő képességű módszerek színre lépése más aspektusból erősítette meg a biológia és az orvostudományok információgazdag voltát, mivel az adatok statisztikai elemzésének értelmezésében és klinikai „lefordításában” az elektronikus tudásnak és feldolgozásnak döntő szerepe lett.

A számítási igények a kísérlettervezésben, az adatelemzésben kettősek. Egyrészt jelen van a teljesítménybeli igény, hogy több egyetlen számításon dolgozó processzormag érjen el egy nagy, közös memóriát. Másrészt jelen van a nagy áteresztő képességű igény is, ami sok párhuzamos futtatást jelent, például statisztikai robusztusságvizsgálatoknál. Ezen kettős igénynek tesz eleget a projekt dedikált grid számítógépe, egy SGI Altix ICE rendszer.