A Summit nevű szuperszámítógép hét olyan hatóanyagot talált, melyek valószínűsíthetően képesek gátolni a vírust fertőzésében. De ezt még kísérletekkel is kell bizonyítani.
Hirdetés
 

Még nagyon messze van a koronavírus ellenszerének a megtalálása. De van egy jó hír is: mint a közelmúltban írtuk, a szuperszámítógépeknek köszönhetően a kutatások időigénye rövidülhet. Akkor arra is utaltunk, hogy a világ leggyorsabb szuperszámítógépe már talált 77 lehetséges hatóanyagot, ami segítheti a további kutatásokat.

A Summit nevű szuperszámítógépet az USA energiaügyi minisztériuma alatt működő Oak Ridge Nemzeti Laboratóriumnak (ORNL) építette az IBM még 2018-ban. A gép tavaly komoly upgrade-et is kapott. Jelenleg közel 2500 darab IBM Power9-es mag dolgozik benne Nvidia Volta GV100-támogatással. Elméleti csúcsteljesítménye 200 petaflops, azaz másodpercenként 200 billiárd (kétszázszor egymilliószor egymilliárd vagy 200×1015) műveletet képes végrehajtani (maximális csúcsteljesítménye valamivel alacsonyabb, 148,6 petaflops.

Már február végén megvoltak eredmények

A ORNL kutatói eredményeiket a ChemRxiv oldalán publikálták. Amit megtaláltak, az még közel sem maga a gyógyszer, hangsúlyozta Jeremy C. Smith, a ORNL Molekuláris Biofizikai Központjának igazgatója a kutatólabor oldalán megjelent beszámolóban, hanem csak az első lépés a hatékony gyógymód megtalálásához.

A szupergép mintegy 8 ezer vegyületen végzett szimulációt. Azt modellezte, hogy a vegyületek hogyan befolyásolják a vírus felületén lévő tüskeszerű proteinek működését – ezek a proteinek felelnek ugyanis a fertőzési mechanizmusért. Olyan molekulákat kerestek, amelyek úgy kapcsolódik a fehérjetüskékhez, hogy azzal gátolják a vírus fertőzőképességét.

Magának a modellnek a felállításában sokat segített, hogy kínai tudósok már szekvenálták a vírus genomját. Megállapították, hogy működési mechanizmusa sokban hasonlít a SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) víruséhoz, amely 2003-ban okozott szinte globális járványt.
 

Így lehetne vizualizálni, mit csinált az ORNL kutatócsapatának szimulációja


Mint az egyik kutató nyilatkozta, a SARS-hoz és a mostani vírushoz kapcsolódó eddigi kutatások alapján már tudtak építeni egy olyan számítási modellt, amely jó hatékonysággal elemezhette a szóba jöhető molekulák és a vírus kölcsönhatását.

A szimulációhoz egy nyílt forráskódú rendszert, a GROMACS-ot (Groningen Machine for Chemical Simulations) használták. Pontosabban ennek egy a Summit gépben használt Nvidia Tensor Core V100 GPU-kra optimalizált változatát.

77 – 7 – 1 – újrafuttatás

A Summit abban segített, hogy rangsorolta a szóba jöhető molekulákat abból a szempontból, hogy milyen valószínűséggel kötődnek a vírus proteintüskéihez. Bár valóban találtak 77 olyan vegyületet, amely nagy valószínűséggel akadályozza/csökkenti a vírus fertőző képességét, majd ezek közül kiválasztották a 7 legígéretesebbet, még közel sincs meg a megoldás. Az egész szimulációhoz ugyanis szükség van egy nagyon pontos modellre a proteintüskékről.

Mint a kutatócsapat egyik tagja nyilatkozta, a napokban amerikai kutatók március közepén egy olyan tanulmányt publikáltak, amely a korábbinál sokkal pontosabb modelljét adja a proteintüskéknek. Erre alapozva újra le fogják futtatni az ORNL-ban a szimulációt, ami várhatóan átrendezi-pontosítja a vizsgált vegyületek ragsorát.

De még az is csupán a kezdeti lépés – figyelmeztet a kutató –, amit tesztek sora kell kövessen. A szuperszámítógép csupán abban segített, hogy néhány nap alatt le lehetett futtatni egy olyan szimulációt, ami egy hagyományos rendszeren hónapokat vett volna igénybe.

Piaci hírek

Aki unatkozik otthon, segíthet pingvineket vagy galaxisokat figyelni

Ha valaki értelmes elfoglaltságot keres a koronavírus-járvány miatti szobafogságban, érdemes lehet körülnéznie a közösségi tudományos projektek között.
 
A magyar informatikai biztonsági piacon húsz éve meghatározó Balasys bejelentette, hogy 2020. márciusától az IT menedzsment piac globális gyártójaként ismert Quest portfóliójának disztribútora lett. Így, a One Identity mellett, már a Quest teljes termékpalettáját is értéknövelt disztribútorként és megoldásszállítóként képviseli.

a melléklet támogatója a Balasys

A VISZ éves INFOHajó rendezvényén az agilitás nagyvállalati alkalmazhatósága és tanulhatósága volt az egyik kerekasztal témája. Az ott elhangzottakat gondolta tovább Both András (Idomsoft), a kerekasztal egyik résztvevője.

Ez a nyolc technológia alakítja át a gyártást

a Bitport
a Vezető Informatikusok Szövetségének
médiapartnere

Az Oracle átáll a féléves verzió-életciklusra, és megszünteti az ingyenes támogatást üzleti felhasználóknak. Mire kell felkészülni? Dr. Hegedüs Tamás licencelési tanácsadó (IPR-Insights Hungary) írása.
Ön sem informatikus, de munkája során az információtechnológia is gyakran befolyásolja döntéseit? Ön is informatikus, de pénzügyi és gazdasági szempontból kell igazolnia a projektek hasznosságát? Mi közérthető módon, üzleti szemmel dolgozzuk fel az infokommunikációs híreket, trendeket, megoldásokat. A Bitport tizenegyedik éve közvetít sikeresen az informatikai piac és a technológiát hasznosító döntéshozók között.
© 2010-2020 Bitport.hu Média Kft. Minden jog fenntartva.